Η ιστορία ξεκίνησε κάποια μέρα του Σεπτέμβρη του 1949 (14/9/1949) όταν μια παρέα φίλων , νέων της Καλλίπολης Πειραιά σκέφτηκε να ιδρύσει έναν σύλλογο αθλητικό στην αρχή, αλλά στην πορεία εκτός από τον αθλητισμό να καλύπτει και άλλες κοινωνικές, μορφωτικές και πολιτιστικές δραστηριότητες.

Στο σπίτι του Διαμιανού Στρουμπούλη οδός Σημίτου αρ. 23 μαζεύτηκαν οι φιλόδοξοι νέοι χωρίς ιδιαίτερα μέσα, αλλά με όραμα για να φτιάξουν έναν σύλλογο καμάρι της περιοχής.

Μετά από συζητήσεις κατέληξαν στην ιδρυτική διακήρυξη με προσωρινή πενταμελή διοικούσα επιτροπή αποτελούμενη από τους Δαμιανό Στρουμπούλη, Νικόλαο Δρίβα, Βασίλη Ισόπουλο, Κων/νο Ζώη και Δημήτριο Παπαδόπουλο που ανέλαβε όλες τις ενέργειες για την αναγνώριση του Συνδέσμου και να συγκαλέσει την 1^η Γενική Συνέλευση μέσα στον Ιανουάριο του 1950. Συγκέντρωσαν κι άλλους για να συμπληρωθεί ο ελάχιστος αριθμός μελών που χρειαζόταν για την ίδρυση σωματείου.

Έτσι συγκεντρώθηκαν συνολικά 19 μέλη που αποτέλεσαν τα ιδρυτικά μέλη του Φοίνικα. Αφού πέρασε ένα 4μηνο αναμονής μέχρι την αναγνώριση του σωματείου από το Πρωτοδικείο, τα ιδρυτική μέλη συνήλθαν σε Γενική Συνέλευση στις 29/1/1950 στο σπίτι του Δαμιανού Στρουμπούλη.

Στις 26/6/1950 συγκαλείται έκτακτη Γεν. Συνέλευση με σκοπό την εξεύρεση πόρων για τη διαρρύθμιση και κατασκευή του γηπέδου στον παραχωρηθέντα χώρο. Τα μέλη του συλλόγου κοπίασαν μεταφέροντας οι ίδιοι τα χώματα και άλλα αναγκαία υλικά για την κατασκευή του πρώτου γηπέδου (δίπλα στο σημερινό στην Πειραϊκή).

Από τότε μέχρι σήμερα ο Φοίνικας έγραψε και γράφει ιστορία στον χώρο του αθλητισμού με πάμπολλες παράλληλες πολιτιστικές δραστηριότητες.

Σήμερα, διατηρεί τμήματα καλαθοσφαίρισης ανδρών και γυναικών,  καθώς και ακαδημίες, αλλά και τμήμα πετοσφαίρισης γυναικών.

Στο παρελθόν είχε συστήσει τμήμα κολύμβησης (1962), συμπεριλαμβανομένης ομάδας υδατοσφαίρισης, τμήμα αντισφαίρισης (1974), καθώς και τμήμα εκδρομών. Επίσης για πολλά χρόνια, λειτουργούσε τμήμα πετοσφαίρισης ανδρών.

Παρότι ο σύλλογος έχει την φιλοσοφία του αμιγώς ερασιτεχνικού αθλητισμού, ωστόσο δεν έλειψαν και οι σημαντικές αθλητικές διακρίσεις. Στην υδατοσφαίριση, το 1969 αναδείχθηκε αήττητος πρωταθλητής στην δεύτερη τη τάξει κατηγορία, κερδίζοντας ομάδες όπως Ν.Ο. Χίου, Ν.Ο. Βόλου, Ν.Ο. Κέρκυρας, Ν.Ο. Μυτιλήνης και Ν.Ο. Χαλκίδος. Την επόμενη χρονιά στην Α’ εθνική κατηγορία σημαντικότερη ίσως στιγμή είναι η νίκη επί του Παναθηναϊκού με σκορ 7-4.

Οι αθλητικές εγκαταστάσεις του Συλλόγου βρίσκονται στην Ακτή Θεμιστοκλέους 236-244 στην Πειραϊκή, στον Πειραιά. Ως έδρα των ομάδων καλαθοσφαίρισης χρησιμοποιείται το Κλειστό Γυμναστήριο «Παναγιώτης Σαλπέας» στην Ακτή Ξαβερίου. Κατά καιρούς ως προπονητήριο έχει χρησιμοποιηθεί το κλειστό γυμναστήριο «Πέτρος Καπαγέρωφ», πιο γνωστό ως Παπαστράτειο.

Μέσα σε μία πραγματικότητα που συνεχώς παρακινεί τους νέους αθλητές προς το κέρδος ο Φοίνικας αγωνίζεται για να διατηρήσει τον ερασιτεχνικό αθλητισμό μακριά από τις οικονομικές σκοπιμότητες όσο τουλάχιστον του επιτρέπουν οι σημερινές συνθήκες.